3.0beta11でオペレーションを実行しましたが該当するような現象は確認できませんでした。
ドラッグ状態でのスクロールはマテリアルパネルの外にマウスカーソルが移動したときに行われ、上下により大きくはみ出すほど高速でスクロールします。
おそらくはマテリアルパネルの背景が白い範囲内でしか操作していませんか?
この場合ではスクロールは行われません。

>上下により大きくはみ出すほど高速でスクロールします。

ほんとうですね、この操作系は知りませんでした。
間接的にではありますが問題が解決しました、
ありがとうございました。

Beta13でスクロールの開始判定をリスト上下端から少し内側まで含めるようにしました。少し操作しやすくなったと思います。

以前よりはスクロールが俊敏になったような気がします
しかし同じように途中で動作が停止してしまい、根本的な問題が解決できていません。

とはいうものの少しづつでも進展しているのはありがたい事です
今後の進歩に期待します。

途中で止まるというのが確認できません。
どのような環境でお使いなのでしょうか？

WindowsVISTA x86とWindows7 x64で同様の症状がでました。
常駐アプリとしてはNOD32を入れてありますが、切っても変化は
ありませんでした。

スクロールが止まる症状ですが、止まる前にウィンドウ全体が一瞬消え
復帰し表示された直後にスクロールが強制的に止まってしまいます。
これはVISTAや7によくあるフリーズ直前の挙動に似ています。

稀にドラッグ時のスクロールが止まらないで正常に動作する場面も
ありますが、法則性はわかりませんでした。

幸い致命的な不具合には至っておりません
個人の環境によるものかもしれませんので
他ユーザーのかたの報告が無いようでしたら
保留にしておいていただいてもかまいません。

最新版βの2413を試してみましたところ、途中でスクロールが停止する不具合が
改善されているようですね。5回ほど試用してみましたが
不具合の挙動は発生しませんでした。とりあえず報告しておきます。

追記になりますが先の不具合での問題は改善されました
がしかし今度は描画の不具合がでました。
ドラッグしていると
添付画像のように矩形の後が残ってしまうというものです。

推測になりますが矩形の表示ルーチンに問題が
あるのではないでしょうか、不具合は見た目だけの問題になりますが
対処を希望しておきます。

windows XP(SP3)の環境でも発生しました
Ver2.4.13からの不具合のようです
ただしドラッグ中の表示不具合と
→ドロップするとパネルが再描画されて元に戻ります
ドラッグ中にカーソルを左右に振ってパネル外へ
カーソルを外したときにカーソル枠が残るだけなので
頻発するものではありませんが
パネル外へカーソルを移動した時に内部の位置が
先頭に（クリアされている？）なるようで
そのままドロップすると、先頭に移動するようです
それと関連があるようにも思えます

ドラッグ時のスクロールが途中で止まる症状は前バージョンで
修正されているように見えたのでそのように報告しましたが、
最新バージョンver3rc1を実行してみて再発したので
結論として直ってませんでした。すいませんお詫びします

それとaleksandrosmikeさんもご報告された
カーソルの跡が残る件も依然として残ったままです。
あわせて報告しておきます

正式版Ver3.0.0で少しだけ調整を行いました。
これで解消できたのではないかとも思うのですが、
確証が得られていないので、実際にどうかご報告いただけると幸いです。
よろしくお願いします。

3.00正式版で実際にサンプルを作成しながら検証してみました。
Windows7 x64。添付のobj100個、mat200個の空モデルです。

ドラッグ時に制御が止まる症状は相変わらず発生して
しまいました。推測になりますがドラッグループ中に
OS側に定期的な制御が渡っていないような印象を受けます。
他にも市販ツールやモデラ等は使っておりますが
Metasequoiaにしか見られない症状です

もう1つのカーソル痕が残る不具合は修正されていました
ただ細かな事かもしれませんがオブジェクトリストをドラッグすると
微妙なチラつきが起こります。
チラつきと言うよりはAPIで文字列を再描画しているのが見える状態
と言ったほうが良いかもしれませんが。
マテリアルパネルのほうでは、このチラつきは起こりませんでした

　こちらでも検証しました。
カーソルが残る問題は
ちょっと分かりにくいのかもしれないので
gifにして見れるようにしてみました。
実はあまり気にしてはいないのですが
たしかに見た目おかしいので
いつか直ることを期待しています。

一見フリーズしたようになる件、パネル外に移動したときゴミが残る件、
いずれも修正の目途が立ったので、次のリリースで修正できそうです。

Ver3.0.2で修正しました。

ドラッグの制御が途中で止まる事がなくなりました。
修正ありがとうございました

修正していただきありがとうございました。
せっかくここまで修正していただいたので
もう少しだけ直していただけるとありがたいです。
（特に困るわけではないので優先度は落としてもらってもいいです）