はじめまして
メタセコイアとっても楽しくつかわせていただいております。

不具合なのかはわかりませんが、次のような現象がありましたので、念のため報告いたします。すでに対応済みでしたら、ごめんなさい。

使用したメタセコのバージョンは3.0beta13です。
画像のように

一つのオブジェクトを２つの材質で塗り分けしたものを作った後、材質順を入れ替えると・・・
オブジェクト側の材質も入れ替わってしまいました。

色々ためしたところ・・・「左右を分離した鏡面を・・・」にチェックをしているオブジェクトに発生しているようです。
チェックを外すと、材質順を変えても、色の位置はかわりませんでした。

ちなみに、メタセコver2.4では、この現象は起こりませんでした。

なにかこちらの見落としもあるかもしれませんが、よろしくお願いいたします。