これはどの程度の頻度で発生しているのでしょうか？
あと、曲面ではない状態では発生しないのでしょうか？
現在調査中ですが、なかなか再現しないようです。

http://youtu.be/BtNErlqKmEc
エラー発生の様子の動画をyoutubeに限定公開しました。また、エラーを起こしたmqoファイルを添付します。確実な再現方法はわかりませんが、曲面でない場合、スムージングOFFの場合は発生しない(しにくい)ようです。
頻度は、少なくともこのmqoファイル、上記環境ではワイヤー適用数十回に1回程度です。

>これはどの程度の頻度で発生しているのでしょうか？
>あと、曲面ではない状態では発生しないのでしょうか？
>現在調査中ですが、なかなか再現しないようです。

データ添付と説明用動画まで用意いただきありがとうございます。

エラーの直接的な原因はわかりました。
添付いただいたデータの一部で、１つの三角形に属する３つの頂点のうち２頂点がなぜか同一の頂点を共有しているというおかしな状態になっており、この状態でCatmull-Clark曲面を行うとエラーが発生するようです。

なぜこのようなおかしな状態になったかまではわかりませんが、このデータはLE R2.4（R2.4aではなく）で作成されたものなのでしょうか？

以前のどこかのバージョン（正確なバージョンは失念）でこの現象を修正したような気がするのですが、それ以前のバージョンをお使いか、またはその時の修正箇所以外にもまだ同様の問題個所が残っている可能性が考えられるかなと思いました。

まずはVer3.0.1でエラーが起こらないようにしました。
Ver2.4系列については修正版を出す予定は今のところはありませんが、
LE版についてはVer3.0系列のものを近日中にリリース予定です。