今後シェーダーを実装されるにあたりシェーダー関連のUIのイメージですが、こんな感じはいかがでしょうか。

基本的に、現状の材質設定はパラメーターが関連のUIが固定のものになっているのでその部分を整理して、シェーダー関連のパラメーターを下にまとめ、シェーダでHLSLを選んだらシェーダーファイルを指定する欄とそれを読み込んでパラメーターを表示する感じにするイメージです。
画像だと、両面や頂点カラーのチェックが残ってますがそれらのチェックもシェーダーのパラメーターに含まれるものですね。

そもそも、標準のPhong等のシェーダーのUIもそれらに置き換えてしまってもいいのかもしれません。

基本的に、HLSL等のシェーダー言語はUIまで含めて構築する感じになってるのでシェーダーファイルを指定してそれがそのまま表示されるのが素直だと思います。

添付画像は、材質設定の画面を整理してFXComposerの画面を当てはめてみたイメージ画像です。
MAXのシェーダーを読み込んだ際のUIも参考に載せときました。