周辺ソフトの動作についてはよくわかりませんが、
Ver2.3からファイルフォーマットが拡張されたため、それに対応できていない
ということだと思います。

実は以前のSDKに含まれるMQO読み込みのサンプルコードにバグがあって、
それを流用した場合は修正を加えないとVer2.3以降で出力したファイルが
正常に読み込めないという問題があり、おそらくその影響だと思うのですが、
その対応についてはここではなく作者の方に直接聞くべきではないでしょうか？

と思って作者の方のページを見たら、開発終了宣言をされているようですね。
本質的には周辺ソフト側で対応すべきことなのですが、これではいかんともし難いので、
需要が多いようであれば、Ver2.3以降にVer2.2互換形式で出力するオプションを
付けることもできるのですが、どの程度のユーザーがいるものなのでしょうか？

本来はMiznoさんがやるべきことではないと重々しりながらもやってくれるとありがたいです、、、、

私も、やっていただけるのであれば、恐れ多い事ですがそれを望みます。

私もやっていただけると、とても助かります！
ぜひお願いします！

１週間程で３人ですが、実際この掲示板を見てる人なんてかなり
少数派だと思うので、潜在的にはもっと需要はあるでしょうね。

いずれにせよ、Ver2.4のローカル座標だったりLE R2.3版の準備など
優先順位の高いものが他にあるからすぐには対応できないので、
しばらくはVer2.2をお使い下さい。
作業はVer2.3上でして、最後にVer2.2に読ませて保存し直すという
手も使えると思います。

そうですねメタライトの開発は停止で再開の可能性はほぼ皆無らしいですから新版で書き出したMQOを旧版で読み込ませて再保存で乗り切るちゅうことかもしれませんね。
　個人的には昔プラグインに存在したという伝説の
「長さを測るメジャー」に復活してほしいものであったりします。
（いまさっきMAXにメタセコイアへの書き出し機能があったことに気づいたやつです・・・）