対象コピーされた方は、UVが反転してるので凹凸の陰影が逆転するのは正しい挙動じゃないでしょうか。
UVが反転するということはテクスチャが表裏逆に貼られるつまり凹凸の情報が逆になるということです。
これに対応するには、反転されてるUVの凹凸情報を反転する機能を材質の設定項目に追加する必要があります。
デフォルトの挙動にするにはちょっとどうかなと思うのでチェックボックスとかでその設定が材質ごとにオンオフできるのがいいかなと思います。

>UVが反転するということはテクスチャが表裏逆に貼られるつまり凹凸の情報が逆になるということです。
よくある一例ですが、左右対称なものでは左右のUVを共有することがよくあります。
バンプであれば基準とする色に対して、より白ければ出っ張っているものとして、より黒ければ凹んでいるものとして作用するものと認識しるので、
UVが反転していても凹凸マップの色を基準に解釈して凹凸を描画すべきと考えています。

何やら一見妙に思えるレスがついていますが、mqouserさんの意見が正しいと思います。
内部処理の都合で、バンプマップをいったん法線マップに変換してから表示しているので、法線マップの内容がそのままで形状だけを左右反転すると当然ながら陰影が逆になってしまうものと考えられます。

他のソフトで（法線マップではなく）バンプマップを貼りつけたまま左右反転すると凹凸まで逆になってしまうものが存在するなら、単にそれは手抜きでしかないと思うのですが？
まともなレンダラーであればちゃんと処理できるはずのものです。

反転するかどうかの設定が存在するのは、それとはまったく別の、単に黒白を逆に取り扱うケースのため（黒白どっちを凸凹にするか決まりがないので）でしかないと思います。

ハイトマップについては、Miznoさんのレスではmqouserさんの要望が正しいようなので正しい処理になるようお願いします。
いろいろゴッチャになっていたようです申し訳ないです。
昔、MAYAやSoftimageで似たような状態になっていたのでそれが正しい状態だと思っていました。
（二つ上の私のレスは間違った内容だったようなので消しときました）

法線マップについては同様の問題がおきるので私の方からはそちらについての設定項目が欲しいので反転についてのチェックを付けたらいいのではないかと要望を出させて頂きました。
法泉の方向、赤（X）、緑（Y）の反転（フリップ）の設定項目です。

ただ、他のソフトと同様の挙動にして欲しいとの思いで最初のレスをしたのですが、法線マップの方もUVが反転してたら凹凸も反転するように内部で処理して貰った方がメタセコ上だけで確認する分には楽かもしれません。

Beta5でUVの流れの方向に関係なく凹凸が一定になるようにしました。