切り取り、コピー、ペーストはいずれもクリップボードが関係する部分なので、
ショートカットは本当に関係あったのでしょうか？
ショートカットでなく、その呼び出し先のメニューの状態はどのようになっていたのでしょうか？
内容が漠然としていてよくわかりませんが、クリップボード周りが一時的におかしくなっていただけのような気がします。
もし設定ファイルが関係していたのであれば、そのファイルの内容を確認したいのですが、
ゴミ箱にそのファイルがまだ残ってはいないでしょうか？

>ショートカットでなく、その呼び出し先のメニューの状態はどのようになっていたのでしょうか？
見たところ異変は無かったように記憶しています。

>内容が漠然としていてよくわかりませんが、クリップボード周りが一時的におかしくなっていただけのような気がします。
ショートカットが効かない状態で変更は加えずにPCを再起動してみましたが、現象が再現していました。
メモ帳等開いてコピー&ペーストを試してみたのですが正常に機能していました。現象はmetasequoia内に限定されているようです。
削除したmetaseq.iniを新しく作られたものと交換すると現象が再発しました。
そのようなことがあり、設定ファイルの破損を疑いました。

>ゴミ箱にそのファイルがまだ残ってはいないでしょうか？
残っていないので提供できません。

偶発的な現象で再現が難しいので対応は後回しで構いません。
mtasequoiaの操作中にPCが落ちるようなことがあり、同様の現象が発生した方がおられましたら補足して貰いたいです。