・ご使用のMetasequoiaのバージョン
・ご使用のOS
・ご使用のビデオカード
・透視図/３面図それぞれの表示モード(Direct3D, OpenGL,ソフトウェア)
をご記載いただけないでしょうか。
ご使用の環境特有の問題と考えられますが、もし当方で再現できない問題になると対処は難しいということになります。
上記の環境に加えてディスプレイドライバのバージョンが影響することもあり、ドライバの更新により改善する可能性も考えられます。

返答がつかず詳細がわからないので「対処不要」扱いとさせていただきます。
投稿者の方がもし見ておられたら[返信]でご回答ください。

Metasequoiaのバージョン は3.1.0
OSはwindows7professional
ビデオカードはGTX560M
透視図、3面図いずれもDirect3D表示です