>未選択のオブジェクトの頂点や辺がピンク色で表示されて選択中のオブジェクトとの区別ができなくなったのですが原因が分かりません。
辺や頂点の表示色はファイル>環境設定>表示から変更できます。
オブジェクト、選択時の設定を確認してください。

>MetasequoiaLE R3.0を使っていて、この前からそうなりました。
なんらかの拍子に設定ファイルが壊れたのかもしれません。
設定を初期化するか、設定ファイル(metaseq.ini)を削除してmetasequoiaを起動してみてください。

>未選択のオブジェクトの頂点を表示させないようするにはどうすればいいですか？
表示>選択した頂点・辺のみ表示にチェックを付けると選択中の頂点と辺のみ表示されます。

ありがとうございます。解決しました。
metaseq.iniというのが設定ファイルだったのですね。

アンインストールしても元に戻らないので焦っていたのですが、
プログラムファイルでなくユーザーフォルダの中にそのファイルが作られていた所為だったみたいです。
windows7の仕様らしいですね。metaseq.iniでファイル検索をしたら見つかりました。