Ver4でGUIを刷新するなら、ペイントとUV編集は現状のコマンドではなく、独立したモードにして欲しいです。
今のメタセコイアにはモードという概念はありませんが、
モードとは一連のコマンド群のようなものを想定しています。
モードを変更することでツールボックスウィンドウ（パネル）の一部が置き換わるイメージです。

モードとして実装することで、現状ツールボックスウィンドウ（パネル）とは別に表示されているコマンド独自のウィンドウが、
ツールボックスに収まり、見た目にも美しくかつ表示の邪魔にもならないと思います。