追加です。画像のmetasequoiaのバージョンは3.1.4です。

使用しているアルゴリズム(Angle Based Flattening)の特性によるものと考えられますが、
このアルゴリズムでは各面を三角形分割した状態で、それぞれの三角形の３つの内角が
元の状態から大きく変わらない範囲で全体の歪みが小さくなるよう調整することによって平面化を行います。

円筒の側壁をなす長方形の面が２つの三角形に分割された時点で斜めに少し歪んだ形状であると考えると、
キャプチャ結果の画像のように各三角形ができるだけ二等辺三角形に近づくように補正されるというのは
人間が考える結果とは異なりますが理屈とは一致していると思います。

このアルゴリズムは例えばLSCMに比べると有機的な形状に対して有効であると一般に言われています。
まったく別のアルゴリズムを採用しないとこの問題には対処が難しく、
円筒のような幾何学形状にはあまり向いていないと頭の片隅にでも入れておくのがいいと思います。