こちらで試した限りではそのような現象は起こらないですが…
LE版自体十分にデバッグできてはいないので、何かバグがある可能性は
否定できません。
ソースコード自体は何も変えていないので結果は同じだと思いますが、
Beta2ではなく正式リリース版ではどうなるでしょうか？
また、他に同様の現象が起こった方がいらっしゃいましたらご報告お願いします。

>Beta2ではなく正式リリース版ではどうなるでしょうか？

正式リリース版（LE R2.3）でも同様の結果となりました。
Metasequoia上で確認すると添付画像のようになります。
角の周辺に線形状が生成されている事がわかると思います。

念のため、今回は上で報告した時とは違うPCで行ってみましたが、
同様の結果となっているようです。また、表示の問題かと思い
GDIやMQRなど表示を切り替えてみてみましたが、
結果は変わりませんでした。

改めてモデルを見ると、確かにフリーズ後にもラインが残っていましたが、
フリーズ前の状態で既にラインが存在しているようです。
ただ、他のポリゴンの１辺に重なるようにラインが作られており、
通常はこうならないはずなのですが、操作の過程で何らかの原因で
ラインが残ってしまう状態ができてしまうのかもしれません。

この現象については詳しく調べないとわからないですが、
これとは関係なくライン自体はフリーズ後もそのまま残るという仕様なので、
ラインを予め消しておくか、またはParthenon側でラインを無視する
ようにすべきではないかと思います。