気がする、とだけ言われても対応に困りますが...

ソフトによってXYZ座標軸やUVの座標系が異なるため、
その違いを考慮しておく必要があります。
動作確認したときは主にLightwaveのサンプルデータを使用していましたが、
これと扱いが異なる場合はY方向を逆にする必要が出ることもあると思います。

ソフト上でY方向を反転する機能はありませんが、シェーダファイル(phong_b.fxなど)
内の「bump_col.y = -bump_col.y;」の記述を削除すればY方向が逆になります。

当方の環境では多くの環境で検証できないので質問した次第なのですが、出来る範囲で調べてみました。
添付の画像の説明になります。
1.ノーマルマップの素材となるバンプテクスチャ
2.gimpのプラグインでノーマルマップに変換。画像はプレビュー画面で上からライトを当てています。(普段はこの方法で作っています)
3.2で変換したテクスチャをmetasequoiaでノーマルマップとして適用。上からライトを当てていますが上下が逆になっています。
4.vidroでレンダ。こっちも上下が逆に適用されています。
5.vidroではレンダ画像をノーマルマップとして出力する機能があるので球体をレンダしてノーマルマップとして出力。
6.metasequiaで適用。上下は正しく適用されました。

この結果からするとノーマルマップを作る側に問題があったようです。もっともプラグインに反転オプションがあるので困りませんが。
Lightwaveと当方のvidroで確認がとれたのでmetasequoia側に問題はなさそうですね。お騒がせしました。