背景色以外と書きましたが、背景色等でテーマで指定されてる色以外です。

どうもよくわかりませんが、色が戻るというのはテクスチャも同時に変更していませんか？
テクスチャを変更した場合、そのテクスチャ用に定義されているGUI色で更新されます。

ご返答ありがとうございます。
はい、そうです。
テクスチャを変更した場合に、ユーザーがあとで一部だけ色を変えたいということはあると思うのでユーザーが変更した設定を保存して次回起動時にテクスチャの定義されてる色ではなくその設定した色で起動してほしいということです。
 
変更した項目が、次回起動時に反映されていなかったので不具合にしましたが現状は仕様のようなので要望に変更しておきます。

>テクスチャを変更した場合に、ユーザーがあとで一部だけ色を変えたいということはあると思うので

それは対応予定はありません。
なぜなら例えば黒系・白系のように大きく配色が違うものに変えたときにユーザーが適当に指定した色が残ってしまうと
とんでもない表示になってしまい、テクスチャ本来の配色が表示できなくなってしまいます。

>なぜなら例えば黒系・白系のように大きく配色が違うものに変えたときにユーザーが適当に指定した色が残ってしまうと
>とんでもない表示になってしまい、テクスチャ本来の配色が表示できなくなってしまいます。

現状ですと設定を反映させるためにOKを押さないといけなく確かにそのリスクがありますが、確認ボタンを追加して10秒間設定を反映させてOKを押さなければ元に戻るというWindowsの解像度変更時のような安全策を取れば良いと思います。

現状、すでにレイアウトのテクスチャに登録してあるテーマから色調を変えることしかできずその仕様ですと少し自由度が少ない気がします。
かといってテクスチャのcolor.xmlを編集するのは視覚的にすぐに結果を得れませんし上記のような対応方法でなんとかならないでしょうか。

たいていの人はテクスチャで定義されたデフォルトのまま使用するか色相を変える程度になるので、
そのような複雑なものを設けるとかえって混乱して不親切なだけです。

フォルダを追加するだけでテクスチャは追加可能なので、
こだわりの強い方はテクスチャ自体を自作する形をされたほうがいいと思います。

あと、色の反映は[GUI色プレビュー]をONにすればすぐに確認できますが、このボタンの存在には気づいていますか？
どうもいろいろ見落とされているように思います。

>あと、色の反映は[GUI色プレビュー]をONにすればすぐに確認できますが、このボタンの存在には気づいていますか？
>どうもいろいろ見落とされているように思います。

そのボタンでウィンドウ内への反映は確認できますが、画面全体に反映させたいときにOKを押すしかなくその際の安全策の提案でした。
言葉が足らず申し訳ありません。


>たいていの人はテクスチャで定義されたデフォルトのまま使用するか色相を変える程度になるので、
>そのような複雑なものを設けるとかえって混乱して不親切なだけです。

その場合、色のリストからcolor.xmlで定義されてるカラーを非表示にしてそもそもリスト上に出ないようにするのが良いかなと思います。
リスト上で色を変えれて起動してる間は反映されてるのに、次回起動時に元に戻って私はバグか？と混乱しました。

レイアウトのテクスチャでWhiteを選んだ場合は、色を変えても再起動時にその設定が反映されるようです。

Whiteのcolor.xmlも他のファイルと同じように各色の定義がされているだけですが、Whiteは基本テクスチャなのでそれらの設定が維持されるのでしょうか？

私の方では、Whiteの中に他のテクスチャフォルダの中身を上書きして色の変更を環境設定から反映できましたがWhiteがOKなら他のテクスチャでも同じ挙動でないとややこしい気がします。

・Whiteの表示名はユーザー設定にする
・他のテクスチャを選択した場合は、色のリストに変更できない項目は表示されない
・color.xmlに変更が可能かどうか定義できるようにする

というのが分かりやすいと思いますがいかがでしょうか。

テクスチャフォルダのWhiteの名前をUserに書き換えてメタセコを起動して、環境設定から他のテクスチャを選んでリスト選択時の色を変えたところ再起動しても色が維持されるようになりました。

恐らく管理者様からすると意図しない動作で、バグだと思いますがこれが求めていた形なので私の方はこれがやはりユーザ的には簡単にカスタマイズできて良いかなと思います。

具体的に何がおかしいのか確認ができないです。
もう一度確認しますが、色が戻るというのはテクスチャも同時に変更していませんか？
Whiteでも別のテクスチャでも（同時に変えなければ）例えばリストアクティブ色を正しく設定できますし、再起動後も維持されていますが。

>もう一度確認しますが、色が戻るというのはテクスチャも同時に変更していませんか？
>Whiteでも別のテクスチャでも（同時に変えなければ）例えばリストアクティブ色を正しく設定できますし、再起動後も維持されていますが。

同時というのは環境設定を開いた時に一度にテクスチャと各色を変えるということですよね？

それは行なっていません、一度Nightなどのテクスチャに変更して再起動した後に、環境設定で色を変えてＯＫを押して適用させ開きなおすと元のテクスチャの配色に戻ってしまいます。

64bit、32bitでも同じ状態です。

Ver4β2に更新したところ、変更した内容が再起動してもちゃんと反映されるようになりました。