>ラグインを追加するとオブジェクトパネルなどの情報が初期化されてしまう
>事がある

再現はできませんでしたが、初期化されるというのはすべて消えて再起動時に言語を設定ところから始まるのか、
オブジェクトパネル等の一部が消えている程度なのかどちらでしょうか？

>デュアルディズプレイで作業している時メインモニターではない方の画面で
>起動してしまうのでメインモニター側で起動するようにして欲しいです

こちらは最大化した状態で使用されているのでしょうか？
最大化していなければ前回の位置・サイズが記憶されますが、最大化されるモニタ位置までは復元されないようです。

>ウインドウの枠をドラッグして画面内でウインドウ位置を動かしている時
>他のアプリケーションを最小化して画面下のバーに格納してしまう時がある

これはWindows自体が備えるマウスジェスチャーが動作しているだけだと思います。
Windows7からウインドウ移動のドラッグ時にマウスを素早く往復させると他のウインドウを最小化する機能が備わっています。
Aeroシェイクというらしく、探せば無効化の方法を含めた詳細が出てくるかと思います。

返答ありがとうございます
>再現はできませんでしたが、初期化されるというのはすべて消えて再起動時に言語を
>設定ところから始まるのか、
>オブジェクトパネル等の一部が消えている程度なのかどちらでしょうか？

本日起動したところプラグインを追加していないのに言語選択画面にまで戻ってしまい
マウス操作の設定等も初期化されてしまいましたプラグインの追加だけが原因ではないようです他に原因を思いつき次第報告させていただきます
ちなみにショートカットキーの情報は保持されていました


>こちらは最大化した状態で使用されているのでしょうか？
>最大化していなければ前回の位置・サイズが記憶されますが、最大化されるモニタ位置
>までは復元されないようです。

小窓化した状態で閉じた場合でも位置が保存される場合とされない場合が有りました(選択のサブパレットと本体が別々の画面に表示される場合も)その改善に加えて最大化した状態で閉じた場合も前回終了時の位置を記憶してくれるとありがたいです
検討お願いします
>
>ジェスチャー
検証ありがとうございます失礼しました

>本日起動したところプラグインを追加していないのに言語選択画面にまで戻ってしまい

私の方でも、本日起動したら何故か設定が初期化されて言語選択画面まで戻ってしまいました。
特にプラグイン追加等行なっていません。

Metasequoia Ver4.0 Beta1 (32bit) is running.
Windows version : 6.1  (Windows 7)
Number of CPU : 8
Physical memory : 16360 MB
Direct3D11 Driver: NVIDIA GeForce GTX 570
    DeviceID: 4225
    SubsysID: 0
    Revision: 161

>マウス操作の設定等も初期化されてしまいましたプラグインの追加だけが原因ではないようです他に原因を思いつき次第報告させていただきます

こちらでも何度か起きてはいるのですが、何がトリガーになって起こるのかがまだわかっていません。
もしこれが怪しいというのに気付きましたらご報告いただけると大変助かります。