mtlファイルには絶対パスは記述可能なのでしょうか？
オリジナルの仕様書は見たことがないのですが、元々がMS-DOS/Windows出身ではないこと、
また以前検証したときにはどのソフトもファイル名のみを出力していることから、
Windowsの形式での絶対パスは扱えないのではないかと考えているのですが。

mtlファイルの絶対パス記述は、3dsMAXでOBJを出力、SoftimageXSI等で読み込んだ際に対応を確認しています。
今回メタセコから出力したOBJファイルで、mtlのパス記述相対パスになってしまう為SoftimageでテクスチャをSoftimage上で参照しなおさないといけない状況でした。
3dsMAXで出したデータでは絶対パスのパスはそのままmtlに絶対パスとして記述された為、SoftimageでOBJを読み込んだだけでテクスチャが当たっているのを確認できたため、メタセコの方でも同じようにOBJ出力時にmtlに絶対パスをそのまま記述してほしいという要望です。

試しにmtlファイルに、絶対パスを記述してSoftimageで読んだところちゃん参照してくれました。

相変わらず読みづらい文章ですみません…。
3dsMAX等で出力したデータでは、mtlを見たらこの様に記述されています。

map_Kd C:\Metasequoia\Texture\grade.jpg

Wavefrontを受け継いでいるAutodeskが現在そうしているということは仕様上問題がないと見てよさそうですね。