>ナイフツールで縦長の球を四分割して一番上の面だけ移動ツールで縮小する
添付の画像のようなカプセルの円筒部分を4分割したオブジェクトの一部を縮小するということでいいんでしょうか?
方法としては一つは、編集を加える部分を選択して押し出し(ctrl+E)でマイナス値を入力して実行。
あるいは、編集を加える部分を選択して切り取り(ctrl+X)で新規オブジェクトとしてコピーして拡大縮小して合成、隙間に面を張る。
こんな感じになるかと思います。