3DS形式は拡散光や環境光などの各成分ごとに色を持っていますが、
メタセコイアでは基本色をベースとして拡散光などの強度を設定するという
仕様の違いが存在します。
ですので、読み書きが行われる際になるべくオリジナルの値に近いものになるよう
変換が行われますが、吸収できない違いについてはある程度違った値になってしまうこともあります。
3DS以外でもファイルフォーマットの仕様の違いによりこういったことは
起こりますので、基本的に読み書きを何度も繰り返す作業にmqo以外の
形式を用いるのはお勧めできません。