4ではファイルパスの変換をWindowsに任せるようにしたため若干違いがありますが、
Windowsのパスの定義では￥が先頭にあるとドライブの直下であるとされるので、
例えば \test.bmp とした場合には C:\test.bmp であるとみなされます。

元々なぜ先頭に￥をつけていたのでしょうか？

なんと、そうでしたか。
メタセコを使い始めた10数年まえから、ずーーっと
そうやって使っていたようです。調べてみたら「￥」を
付けているものと付けてないものが、まぜこぜになっていました。
古き事ゆえ、こうなった理由は不明です。(^^);

対応を検討しましたが、Windowsの仕様通りにドライブ直下を指定するパスの記述ができないのも困りますので、
代わりにスクリプトでファイル名の先頭の￥を取り除くスクリプトを作ってみました。
即席に用意したものですが、これで大丈夫でしょうか。

お忙しい所、お手数をおかけして申し訳ございません。
ありがとうございました。
しかし、実は3日かけて既に修正は完了いたしました。

これからもメタセコイアの更なる進化を楽しみにしております。