画面外のどこかにあるというのが正しければ、設定ファイルを消すか内容を書き換えるのが手っ取り早いかと思います。

C:\Users\(ユーザー名)mizuno\AppData\Roaming\tetraface\Metasequoia4_x64
にあるMetaseq.setting.xmlを削除して起動するか、
設定ファイルが消えると困るならテキストエディタで開いてEditPanel内のLeftとTopを0に書き換えれば大丈夫かと思います。

ご回答ありがとうございます。※解決しました。

設定ファイルの問題では無かったみたいです。
グラボに直接つながっているモニタ側でメタセコを起動したり、
メイン画面を交換してみたら、別のウインドウの下に隠れた、
「操作パネル」を発見しました。

お騒がせして、大変申し訳ありませんでした。