誤字の修正です。
>データの欠損はみたいですが、データサイズも小さくなっていました。
ただしくは
>データの欠損はないみたいですが、データサイズが小さくなっていました。

mqoファイルの保存周りは何も変えていませんし、サイズが小さくなるというのもなぜかまったくわかりません。
ディスクの物理的な損傷などの問題ということはないでしょうか？

確かに同僚もメタセコ4に変えてから保存に時間がかかるようになったと言ってました。
私は、さほど気にならなかったのですが3.1.5のときより保存にちょっと時間が掛かってるようです。
変更してないとしたら、何でしょうね…。

>ディスクの物理的な損傷などの問題ということはないでしょうか？
何度保存しても同じ結果になるのでその可能性はないと思います。
不思議なことに4.1で再保存してデータサイズが小さくなったデータは普通に開ける上に欠損も無いように見えます。
当該のデータについてメールしますので検証して頂けないでしょうか。

4.1.1で対応されているのを確認しました。
一分以上かかっていたのが数秒から十数秒で保存できるようになりました。
ありがとうございます。