Ver4.1.2で修整されていることを確認しました。
　ありがとうございます。

　確認のために色々やっていたところ、【似ているパターンで、まだ辺が残る場合がある】ことを発見しましたので、報告致します。

■基本図形「正方形作成」→【同じ面の対角頂点2点を選択】（どの方向の面でも構わないが、選択する頂点は同じ面の対角の頂点）→「頂点の位置を揃える」適用XYZ、OK→メッセージ「1個の頂点をくっつけました。」OK→今くっつけたはずの斜めになっている4面を、面だけ選択してカット（Ctrl+X）してみると、くっつけたはずの場所に辺が残っていることが確認できます。
　これはXYZどの方向の面で実行してみても起こります。
　Ver3.1.6では起こりません。

　辺が残らないようにして頂ければ大変ありがたいと思います。
　よろしくお願い致します。