エッジコマンドで辺を追加する際に複数クリックしたり、辺の分割方向を変える際に複数クリックした場合に辺がオンになってる状態でラインが消えてしまいます。
ファイルを読み込み直したり、メタセコを再起動すれば元に戻ります。
おそらく再描画が行われてないか、描画に関する不具合でないかと思われます。

検証と、修正の方よろしくお願いします。

Metasequoia Ver4.1.2 (32bit) is running.
Windows version : 6.1  (Windows 7)
Number of CPU : 8
Physical memory : 16360 MB
Direct3D11 Driver: NVIDIA GeForce GTX 570
    DeviceID: 4225
    SubsysID: 0
    Revision: 161