>基本図形を出したときに図形の中心が原点に来ません。
>対応をよろしくお願いします。

あまりに説明を簡略化しすぎているためどういう状況を指しているのかよくわかりません。
詳細な説明や図示など、内容が正確に伝わるようお願いします。

写真を添付しました。
写真では円筒を出してＺ軸上にある頂点を選択しているところです。
「頂点位置を揃える」で座標を出していますが微妙に位置がずれているのが
わかるかと思います。

>写真を添付しました。
>写真では円筒を出してＺ軸上にある頂点を選択しているところです。
>「頂点位置を揃える」で座標を出していますが微妙に位置がずれているのが
>わかるかと思います。

これは不具合ではありません。
メタセコイアは高精度を謳ったCADではなく、省メモリ・高速処理を優先した設計になっておりますので、
生成時や編集時などさまざまな時点で常に計算誤差が生じます。
数値の有効桁数は6～7桁程度で、これ以下の値については常に誤差が生じるものとお考えください。

ありがとうございます。