keynoteを導入した環境で制作されているということでいいのでしょうか?
私もkeynoteで何かの操作をした後に同じ現象が出ることがありました。
原因は特定できていませんがパネルの設定画面を開いて閉じると元通りに復帰するので描画関係の不具合みたいです。

そうです。keynoteを使っています。
描画関係のみの不具合で、他に何も影響が無ければいいのですが。
例えばリスト表示が変な状態になっているのを気付かずにファイルを保存した場合に、おかしなデータが保存されたりしないかが心配です。
keinoteはこれからも使いたいので、原因を影響が特定できることを祈ります。

>例えばリスト表示が変な状態になっているのを気付かずにファイルを保存した場合に、おかしなデータが保存されたりしないかが心配です。
その状態で保存してもデータの欠損はありませんでした。