訂正です。
②は回転の中心位置の設定の問題ではなく、選択部に視点をフィットしたときの現象のようです。
選択部にフィットせず視点位置がずれてしまう状況です。
よろしくお願いいたします。

>①ショートカット設定中に一部項目の表示がおかしくなる（設定した項目とは違う項目にショートカットが表示され、重複の確認も出来ない）
>②回転の中心位置の設定を画面の中心にしたときの挙動がバージョン3と違う（これで正常なのでしょうか？）

①、②とも具体的にどういう状況なのかよくわかりませんでした。
まず、どのバージョンをお使いでしょうか？
②については視点フィット時に3以前では画角を変えて調整していましたが、4では画角を保持したままカメラの距離を変えるようになっております。
また4でも4.1.3とそれ以前のバージョンでは挙動が若干異なる個所があります。
それから「回転の中心位置」については環境設定でどのような設定にしているかでも違ってきます。

①についてはどの項目の表示がおかしくなるのでしょうか？
一通り確認した限りではどの箇所がおかしくなるのかわかりませんでした。

上記、ご確認のうえご返答いただければ幸いです。
よろしくお願いいたします。

>①、②とも具体的にどういう状況なのかよくわかりませんでした。
>まず、どのバージョンをお使いでしょうか？
バージョンは最新のバージョン（4.1.3/32bit）になります。

>②については視点フィット時に3以前では画角を変えて調整していましたが、4では画角を保持したままカメラの距離を変えるようになっております。
>また4でも4.1.3とそれ以前のバージョンでは挙動が若干異なる個所があります。
>それから「回転の中心位置」については環境設定でどのような設定にしているかでも違ってきます。
フィット時の調整方法が変更になったということで、それが原因かはわかりませんが、
症状としては、点・辺・面のいずれかを選択した状態で選択部に視点をフィットすると選択部は画面の中心にフィットされますが、
その後視点を回転すると選択部が視点の中心にならず別の位置が視点の中心になっており、選択部を中心に回転しないため
選択部は画面の中心から外れていきます（選択部に接近するとわかりやすいと思います）
視点操作の設定は、ろくろ・縦方向に360度回転・回転の速さ＝100・回転の中心位置＝画面の中心としています。
バージョン3.1.6では同じ設定・同じ操作で選択部を中心に回転します。

>①についてはどの項目の表示がおかしくなるのでしょうか？
確認しているのは、表示設定＞X/Y/Z軸以下の項目です。
下部の設定キーを選択する項目から、たとえばAを選択すると設定したAキーはその下の下絵の項目に表示されます。ただしこの状態でOKを押して
画面を一旦閉じ、再度設定画面を開くと設定自体は反映され表示も正常に戻っています。
また、通常表示・淡色表示・非表示など一部項目が重複（あるいは操作中に複製されたのかは不明です）している症状も確認しています。

以上確認の程、よろしくお願いいたします。

>その後視点を回転すると選択部が視点の中心にならず別の位置が視点の中心になっており、選択部を中心に回転しないため

Ver3系と違う挙動になっていて不便ということですので、
4.2で以前と同様に単に画面にフィットさせるだけでなく回転中心も同時に変更するようにしました。

また、ショートカットキーのほうも修正しております。

>視点操作の設定は、ろくろ・縦方向に360度回転・回転の速さ＝100・回転の中心位置＝画面の中心としています。
>バージョン3.1.6では同じ設定・同じ操作で選択部を中心に回転します。
>
>>①についてはどの項目の表示がおかしくなるのでしょうか？
>確認しているのは、表示設定＞X/Y/Z軸以下の項目です。
>下部の設定キーを選択する項目から、たとえばAを選択すると設定したAキーはその下の下絵の項目に表示されます。ただしこの状態でOKを押して
>画面を一旦閉じ、再度設定画面を開くと設定自体は反映され表示も正常に戻っています。
>また、通常表示・淡色表示・非表示など一部項目が重複（あるいは操作中に複製されたのかは不明です）している症状も確認しています。
>
>以上確認の程、よろしくお願いいたします。

対応いただきありがとうございました。
最新バージョン(4.2.1)にて①②の症状が改善していることを確認しました。

今回バージョン4最新版を使用させていただいた感想なのですが、個人的には機能面での不満はありません。
ですが、バージョン3.1.6では作業に直接影響する不具合がないため、依然として同バージョンが使いやすいと考えています。

バージョン4.2.1では今回報告させていただいた他に、現時点で4つほど別のバグを確認しています。
しかしながら、これを逐一報告させていただくのはこちらも労力を要するものとなってしまいます。
やはり出荷時点で可能な限りバグがないソフトを使用したいというのが、ユーザーとしての願いです。
ご多忙であるとは重々承知しておりますが、出荷前のチェック強化を検討していただけましたら幸いです。

この度は、ありがとうございました。