mqoファイルを添付します。

エッジや面が同じ位置で重なっている場合にエラーが起こることがあります。
以前から問題点は認識しておりますが、対策が容易ではなく見通しが立っておりません。
エラーが発生したり結果がおかしい場合にはオブジェクトの位置を少しずらしてから再実行してみてください。

よくわかりました。