バージョンは4.13、OSはwindows7です。

>ブーリアンを中断しようとしてダイアログの右上の×を押してダイアログを消したあと、一切の操作を受け付けなくなりました。
>マウスのクリックにはエラー音が返ってきます。
>キーボードの操作は反応なしです。
>「ウィンドウを閉じる」を選んでもメタセコイアが表示されるだけ。
>（見えないだけでダイアログが閉じられてないのかもしれません）
>
>保存するのを忘れていたので、なんとかしたいのですが、何か方法があるでしょうか・・・

4.1系では特定の条件を満たすとダイアログが閉じた後に操作が受け付けなくなることが確認されております。
一度そうなってしまうとおそらく強制終了するくらいしかなく、大変申し訳ありませんがデータも復帰できないと思います・・・

4.2ではこの問題に対処しており、おそらくもうこの問題が起こることはないと思いますので、アップデートしてお使いください。
（4.2.0は別の問題がありますので、4.2.1をお待ちください）

意を決して強制終了かけたら、保存するかどうかのダイアログが・・・！
ギリギリで保存出来ました。
そして念のため再起動してから4.2にアップデートしました。お騒がせしました。
こまめにセーブするべきなんですよね・・・。4.2.1をお待ちしています。