GPUの問題かと思い、サブマシンの方で動かしたところ、同じような動作になりました。
また、Dx9、OpenGLではこのような症状が出ませんでした

サブマシンの構成を記載いただかないとわからない部分が多いですが、
GPUの問題の可能性が高いと思います。
まずGPUのドライバーを最新にしてください。

それから結構データ量が大きいようですので、32bit版ではメモリ不足によるエラーが発生する可能性があると思います。
64bit版のMetasequoiaをお使いください。

あともう一つ原因となりそうな箇所を挙げるとすれば、Direct3D 11で半透明表示を[奥行きを正確に表示]をONにすると
GPU上のメモリ(VRAM)をかなり必要とするので、こちらが不足している可能性もあるかもしれません。
[奥行きを正確に表示]を一時的にOFFにしてみてください。

返信ありがとうございます。

64bit版では問題なく動作しました。
また、一旦オブジェクトを非表示にしてから変更すると32bit版でも落ちることはありませんでした。。
サブPCの構成はRadeonのHD5850なのでもしかしたらAMDと相性が悪いのかもしれません。

ドライバの更新では治らなかったみたいです。
しばらくはシェーダを変更して使用したいと思います。