書き忘れました
どちらのバージョンも最新版です

>以下の現象は仕様でしょうか？
>
>どちらも試用ライセンスを用いた時で
>Ver4でライセンス登録するとVer3のライセンスがリセットされる

少なくとも仕様ではありません。
現象を確認できないため詳しいことがわからないのですが、以前にも他の方から同様の報告を受けたこともあるので
何らかの条件でそういったことが起こるのかも知れません。
ただ、もしライセンス情報が消えてしまった場合でも入力し直せば再び使えるようにはなるはずです。

回答ありがとうございます

ライセンス再入力で対応するようにしたいと思います