面と辺が同じ奥行き位置にある場合にそのまま辺を表示しようと、
面と辺が重なり合うため辺の表示がとぎれとぎれになって非常に見づらくなるので、
面よりも辺のほうを少し手前に描画する処理を行っています。
このため、面よりわずかに奥にある辺も表示されることがあります。

Direct3D/OpenGLで表示が異なるのはこの度合いが若干異なるためですが、
どちらが表示が正確というわけではなく、辺が見づらくなるか重なりが不正確になるかでしかありません。
そのため、辺の表示を微妙な奥行きの違いの判定には使わないほうがいいということになります。

回答ありがとうございます。
透視だと綺麗に表示されるので気になってました。
自分の環境だと同じdirect９　平行表示で
同じモデルがV3.1だと綺麗に表示されますが
ｖ4.3と辺が透けた表示になります。ｖ3.1に近い処理になるとありがたいです。

視点のクリップの自動設定を切ってクリップ範囲を調整したら辺の透けが直りました。

再起動したら自動設定がONになるのですね。
自動設定の設定が合わないみたいです。
自動設定を設定保存できるようにできないでしょうか？

クリップ範囲の保存対応ありがとうございます。