>１．センターボーンについて
>　ボーンパネルでセンターボーンを１本だけ登録しているモデルをPMD出力すると、センターボーンが２本出力されます。

データを注意してご覧いただければお分かりになると思いますが、PMDファイル内には「１本のボーン」ではなく「両側にある２つの端点」が出力されます。
またVer4.3.1では親ボーンのない端点は常に「センター」の名称で出力されるため、「センター」という名称は自分でつける必要がなく、
これをつけてしまうと同じ名前の端点が２つできることになります。

MMD用テンプレートを使用した場合も、「センター先(center end)」はありますが「センター(center)」はなく、
PMDファイル出力時にExportPMDBoneSetting.xmlファイル内で定義される名前「センター」が自動的につく仕組みになっております。

>２．テクスチャファイルのパスについて
>　テクスチャファイルをパス付きで指定した場合、PMD出力時にパス情報が削除されるようです。

PMDファイル内ではファイル名はパスを保持することができません。
またファイル名も20文字以内という制約があります。

どちらの件も仕様という事ですね。
了解です。
ありがとうございました。