材質から頂点を選択して、マグネットの「選択頂点のみ」にチェックを付けて動かした際にまったく選択していない箇所の頂点が動いてしまいます。

直接ビュー上で頂点を選択した場合は起きないようで、材質からAltクリックで選択した場合に起きます。

また、オブジェクトが分割されていると「接続距離」のチェック、「現物」がオンになっていないに関わらず片側の頂点しか変形されません。
このように分割されてる場合や、同一座標に頂点がある場合は一緒に動かして欲しいです。

ご確認と対応お願い致します。