Program Files下のフォルダにファイルを直接コピーされたりしたのでしょうか？
こちらに同じ質問がありますのでご参照ください。
http://metaseq.net/bbs/metaseq/bbs.php?sel=4884&db=metaseq_mqbbs&lang=jp&filter=&query=&tag=

Windowsやアプリケーションについての十分な知識がない場合、Program Files下を直接操作するのはシステムを破壊する可能性があり危険です。
プラグインはインストール方法が特別指定されていない限りは直接フォルダを操作するのではなく、
[メニュー > ヘルプ > プラグインについて]からインストールしてください。

回答ありがとうございます
同種の質問を確認しました

当方はインストール先フォルダをデフォルトから以下の通りに変更しています
C:\3DCG\Metasequoia4
↑の場合ですと[メニュー > ヘルプ > プラグインについて]からインストールに場合でも

C:\Users\piron\AppData\Roaming\tetraface\Metasequoia4
↑のフォルダには格納されず

C:\3DCG\Metasequoia4\Plugins\Export
↑のフォルダに格納されていました

よってインストールフォルダをデフォルトから変更している場合に本不具合が発生するようです。