以前、PMXEditor（PMX材質）とMetasequoiaPMD材質（mqm）を変換するため解析させてもらったんですがMetasequoiaVer4.4.3と4.5ベータ現在
PMDシェーダでPMD出力した場合に反射色の値だけ大きく違うので報告させていただきます。完全一致は難しいので小数点第4位で四捨五入

Metasequoia側で反射光の色指定がない（もしくは同じ値の）場合、反射光（0.150）の時、反射色RGBは、（0.150，0.150，0.150）
色の指定がある（もしくはRGBが異なる値の）場合は、R：0.299、G：0.587、B：0.114の割合で掛けた値になる
色指定をやめた場合は、R：0.299、G：0.587、B：0.114を掛けた値を足した値が反射光の値になる（自作ツールは0.30:0.59:0.11で計算）
と、メタセコイア出力のmqm材質から算出し相互変換した際にも誤差の範囲で問題なかったのですが、根本的に計算方法が違うのであればすみません。
例　メタセコ　→PMD出力（反射色）
反射光　0.15（色無し）→　0.3872983,0.3872983,0.3872983
反射光　0.25（色無し）→　0.5,0.5,0.5
規則性が不明、色指定しても違う色のようで規則性が無く明るくなるみたいです。