追記です
具体的に述べると、現在FEM（有限要素解析）の実験を行っており、骨にプレートを当てて応力分布を調べています。
この際にプレートのSTLとしての形状データは手元にあるのですが、そのプレートデータが面に囲まれているだけで、中の領域が空洞になってしまっています。
実験で用いるには、メタセコイア上でプレートを切断して、実験に用いる必要があります。しかし、この切断したプレートをそのまま用いると、中空領域が露わになってしまい、実験に支障をきたします。
そこで、この中空領域を満たした状態で実験を行いたいのですが、その方法がわかりません。
よろしくお願いします。

切断面に面を張って閉じた形状データにしたいということでよいですか?
一番手軽な方法として<穴埋め>で開口部分の辺がハイライトされるのでそこをクリックして閉じてしまう方法があります。
生成される面はnゴンになるので必要があれば選択部処理から面の三角形化で三角形ポリゴンに変換してください。

ここらへん詳しくないのですが、
おそらくmetasequoiaでは表面の形状しか作れないと思います。
解析に使うには、他のソフトで変換する必要があるかと。