メタセコの状態とMAYAの状態を比較したところ、軸の向きがメタセコと異なっているのが気になりました。
値自体は同じ値が来ているようですが、ローカル軸の向きがメタセコと異なっているので同じ回転値で同じ場所に来ないのではないかと思います。

ちなみに、テンプレートのHumanoidでテストしております。

また、もし現状で同じように読み込める出力設定、MAYA、MAXのインポート設定があれば教えて頂けるでしょうか。
そういった解説をヘルプ等に載せていただきたいです。

とりあえず、シンプルなデータで試してみました。
まず骨の位置そのものは変えずに、45度下げたものを、スキニングのボーン時に左腕を水平にしてアッパーアームに45度入れて、Mayaでインポートした画像です。
位置を変えてないので特に軸はおかしくないのですが何故かアッパーアーム以降のボーンにもすべて45度入っておかしな状態になっています。

一番最初に報告した際は、アッパーアーム以降のボーンを削除していたので気づかなかったのですが指先まであるボーンで検証して原因が分かりました。

最初にテストした際はこの添付画像のように、鎖骨を少し上げて、アッパーアームを水平になるようにしたのですが、上の報告のように親に入れてる回転値が子供にも入っていってるのが原因のようですね。
鎖骨に入れてる鎖骨を少し上に上げる回転値がアッパーアームに入る＞水平にしたはずのアッパーアームが少し上に上がってしまう。
という状況になっているようです。

FBX内でどのように回転値が保存されているのかわかりませんが、現状ですと「現状のポーズ」で出力するとMAYA、MAXで同様に親の回転値が子供にも入っていくようです。

ご確認と修正よろしくお願いします。

ちなみに軸が異なると報告しているのは、上記のように親の値が子供に入っていっている？から向きが変わっていってることによって軸が異なるように見えただけのようです。