4.5.0以降でボーンリストを[ボーン]表示モードでご利用でしょうか？
MMDテンプレートを使う場合は[ノード]表示モードのほうをご利用ください。
これによりMMD上と同じ構造でボーンをリスト選択することができます。

なおdummyについてですが、MMDの仕様により分岐箇所ではリスト上で先頭にあるボーンを通常のボーン、
それ以外をダミーとして扱う必要があります。

返答ありがとうございます。
ノード表示にすると階層はMMDのように表示されますが
たとえばMMDの初音ミクをインポートした時
モデルのボーンのつながりはそのままで、やはり上半身動かした時肩がついてこないのですが
これは仕様なのでしょうか？

PMDをインポートして動かすと添付画像のようになります。

ボーンリストの表示モードに関わらず、現在はノードではなくボーンが選択単位となっております。
このため、ボーンリスト上で分岐のあるノードを選択した場合でもボーン１本のみ選択され、
上半身の場合は首へとつながる部分のみとなるため、この状態で操作した場合に肩への影響ありません。

現在はノードにぶらさがる子ボーン全部を一括操作する方法は用意しておりませんが、
今後の改良項目の候補の一つとしては挙がっております。

たとえば上半身　下半身の親をセンター
両足の親を下半身　肩を上半身とすると添付画像のように自然に動くのですが
つねに親と子のボーンが離れています　挿入しますか？　はいをおしてもずっと出てつながってるいるのかわからず
PMDエクスポートもへんなのができあがります。
これはメタセコイア４のボーンルールとは違うと思うのですが
上のように設定していくとPMDができあがるようになると作りやすい気がします。