現在のスナップは移動の基準となる位置（頂点やハンドル原点など）を対象物へ吸着させるだけとなります。
面と面を交差しないように合わせる機能は用意しておりません。

水平に限定される方法ですがスナップしたい平面にガイド用のポリゴンを張ってその頂点に載せたいオブジェクトをスナップするという方法はどうですか。
事例2のように段差やアーチで傾斜する場合は現状の機能だと難しいと思います。単純なものであればパス複製の応用でできるかもしれません。

Mqouserさんの仰る方法も良いですね。

他にも方法として、吸着目標の面を複数回ナイフで切ってガイド頂点・辺を生み出し、吸着完了後は『連続消去』やエッジツールの『消去』などで、ガイド頂点と辺を消去する。
もしくは、目標とする吸着面のいずれかの頂点に、吸着させたいオブジェクト全体を一旦吸着させた後に、移動ツールで面上を移動させるなど、色々な方法を活用しています

ただ、どうしても「面同士で吸着させる」に比べて、作業として一手間、二手間かかってしまうのが難点ですね。

それと、ご指摘のようにアーチ状の面や傾斜面（坂道や屋根など）の場合や、構造物同士が込み入ってしまう場合は、そうした作業も難しいこともままあります。

今回新たに添付させた頂いた画像ファイルの事例のような、直感的に任意の場所に位置合わせをさせたい小物や家具等が多くなると、そうした作業だけで多くの時間をさくことになります。

メタセコイアは、バージョン４になってスナップ機能と正確な数値入力と単位表示、64bitOSに対応等が可能になったおかげで、単独のモデルだけでなく、複合化された構造物・インテリア設計等の、「シーン」の創作も容易になってきただけに、「面と面との吸着」に限らず、各々個別のモデルを効率よく組み合わせ・配置できる機能は、これからも伸ばして頂きたいと願っております。

「Little★Meteor開発局日誌」というブログで
公開されているプラグインを使用されてはいかがでしょうか。

ブログの右側に「カテゴリ」という所があり、そこの
「Metasequoiaプラグイン(11)」をクリックし、
表示されたページの８番目に

【メタセコプラグイン】２つのオブジェクトを選択面で接合

と言うのがあります。それを試してみてはいかがでしょうか？。

たいがい思わぬ結果になりますが、
「変換後ローカル座標を設定する」にチェックを入れておき、
ローカル座標にて移動回転させて修正すれば何とかなります。

なお、プラグイン機能を使用するため、ライセンス購入後
である必要があます。
さらにこのプラグインは32ｂｉｔ版でしか使用できません。

お節介だったらごめんなさいです。

アドレスはここです。（半角スペースは削除してください。）
h ttp://efk.seesaa.net/

UD３さんに紹介して頂いた、「Little☆Meteor!」の方々が提供されているプラグインはとても便利ですね。紹介して頂きありがとうございます。

特に、面の方向が異なったオブジェクト同士でも吸着できる機能は、アーチ面や傾斜面で配置する際は、とても役に立ちそうです。
それと、吸着させたいモデル群を一つのオブジェクトでまとめれば、別のオブジェクト面との吸着が一括して可能になるのも、とても助かります。

ただ作業の工程上、特定の二つの面をあらかじめ選択して機能させる為、ご指摘の通りオブジェクトが吸着する位置が予測しづらく、直感的に任意の希望する場所に配置するのは困難な所はありますね。

このプラグインとは別に、オブジェクト全体をマウス等で移動させつつ、直に面同士がスナップさせる機能も、やはり欲しい所ではあります。