普段は４の32bitでMMDモデルを作っています。ボーンに続きモーフも追加されているので新しいバージョンを試用してみました。
使用時間も短く、理解が至らない部分もあるかと思いますが気付いたことを。

1.一つのスライダで複数オブジェクトをモーフ変形出来るようにしてほしい。
　目を閉じるという動作にしても、自分の場合は修正を考慮し顔、瞼、睫、瞳等の別オブジェクトとしているため複数のモーフが必要となります。今の方式ですと動作確認が取りづらいです。階層化などして名前を付け一括で動くようにしてほしい。

2.１のような製作工程のため出力したとき、現在制作中のモデルですとモーフが１８０個作製されます。
　現状の出力方式ですと全てモーフの名称が異なるためマージさせるのに手作業で行わなくてはならずとても面倒です。そこで階層化した上で、同名で出力していただけるとエディタで同一名称のマージが行えて簡単です。或いはマージした状態で出力できるとありがたいです。

3.オブジェクトを別ファイルにコピペ、挿入したとき、ボーンは別ファイルでインポートできるようですが設定したウェイトは失われてしまいます。失わない方法があるのかな？　なければ設定したウェイト値も一緒に移動できるようにしてほしいです。

4.ボーンが入り動くようになりましたが、sdef変形にも対応しウェイト設定を出力出来るようにしてほしい。

5.デュアルクオータニオンでウェイト設定してもpmd形式で出力するため失われている？
　pmxでの出力が難しいことは理解しております、しかし今さら素のpmdでは寂しいです。出来ないこと、大変なことが多いです。理由がなければわざわざpmd形式でモデルを作ったりしません。
　難しいことはわかりませんがpmxに近しい独自のpmd拡張規格で出力し、MMD/PmxEの方にプラグインをあててインポートするような方法は採れないものでしょうか。
　メタセコ本体とは関係ない機能かもしれませんが、出力が改善されればMMDとの親和性は格段に上がるのではないかと。色々改善されておりますが現状ですと出力の関係でこれからMMDモデルを作りたい人に対して32bit＋プラグイン前提でしか勧めにくいです。とりあえず全ての機能はいりませんが最低でもボーン、モーフに続きウェイト（デュアルクオータニオン?+sdef）までは出力し、少しでも多くのことをメタセコ上で行えるようにしてほしいです。もちろん煩雑にならないように。

勝手なことをつらつらと書きましたがよろしくお願いします。