fbxのボーン設定をkeynoteのボーン設定としてインポートするプラグインは知りませんね。
metasequoiaのボーン機能ということであればfbxのインポートに対応しているみたいですが、fbx->mqoではどうなっているのでしょうか。
EXライセンスではないので確認とれないです。

keynoteで動かせるデータとしてインポートということであれば、公式の回答待ちになりますが、仮にmetasequoia ver4 EX版でfbxをポーン設定込みでインポートできるのであれば、
fbxをver4でインポート->pmd出力->プラグインpmdimpMQでインポート
この方法でkeynoteで動かせるデータとしてインポートできると思います。
ただしpmd出力の過程で高度な設定は揮発してしまうので再設定が必要になるかもしれませんね。

pmdimpMQ
ttp://sio29.sakura.ne.jp/index2.html

現状ではむりぽということですね。
Ver4 EXならできるのかな。
改めて質問してみます。ありがとうございます。