PMD化した際の写真です。

ご使用のバージョンはいくつでしょうか？
少なくとも最新のVer4.5.3ではそういったことは起こらず確認できませんし、
元データがどうなっているかわからないのではっきりしたことは言えませんが、
こちらはご自身で色々編集した後の状態でしょうか？
何か階層・順序を入れ替えるような操作をした場合には当該の状況が起こることが考えられますので、
一度MMD用テンプレートと編集データのボーン構造を比較してみてください。