回転軸が基点に対して奥方向に伸びている状態では、「回転」「ねじれ」どちらも正の値で時計回りに回転します。
ねじや座標系のことはわかりませんが、見た目の挙動としては統一されています。
ただ、実際どっちに回転するかわかりづらいのはその通りだと思いますので、
方向を示す羽のような表示があったほうがいいのかもしれません。

すみません、簡単に説明しますと。

メタセコイアを立ち上げて、Ｐで何か基本図形を作成する。初期状態なので、透視図でＸ軸は右下に、Ｙ軸は上に、Ｚ軸は左下に向いている。
この状態で、Ｃで回転サブパネルを出し、Ｘ軸ボタンを押し、その下のテキストボックスに正の数値を入力し、ＯＫボタンを押す。
そうすると、原点からＸ軸の先の方を見た場合(つまり右下の方を見た場合)、反時計周りに回転している。

Ctrl+Zで、図形を回転前の状態に戻し、透視図の図形以外のところをマウスの右ドラッグで横に動かし、視線をＹ軸を中心に回転させ、Ｘ軸を奥に伸びるようにする。
（これが、上で言われている「回転軸が基点に対して奥方向に伸びている状態」と認識しているのですが・・・）

この状態で、同様にＸ軸ボタンを押し、正の数値を入力し、Ｘ軸を中心に回転させると、これも同様に反時計周りに回転してしまうのですが・・・。

やっぱり、何か検討違いなことを言ってますよね？

図示したほうがわかりやすいと思いますので、添付の画像をご参照ください。
この奥方向（図内ではやや右上向き）に軸が伸びた状態で正の値を入力すると時計回りに回転します。

私がやったら、添付ファイルのようになりました。

バージョンが3.1.6なのが問題なのでしょうか。

おそらくVer4.2の頃だったと思いますが、似たような指摘があったため修正しております。
Ver3系は既に開発終了しておりますが、4では細かい部分についても絶えず改良・修正を施しておりますので、
4の最新版をご利用いただくことをお奨めいたします。

なるほど、そういうことですか。

解決しました。ありがとうございました。