>・一度一緒にしてしまった頂点を分離する方法はありますか？

[エッジ]コマンド内の[分割]で辺の間に頂点を挿入することができます
必要に応じてさらに[エッジ]コマンドで辺を[追加]または[消去]してください。
この他にもベベルを利用するなど別の方法もいくつかあると思います。

>・ボーン設定で何故か腕から手首にかけての関節のみ動きません。ただし、手は反応しているようです。正面、上面から見ても、腕の中心部を捕らえていると思うのですが、何が問題でしょうか？

ウェイトが割り当てられていないのではないでしょうか？
[ペイント]タブに切り替えてウェイトがどのように割り当てられているかご確認ください。

>・マニュアルのスニキングで動かして関係ないところまで動いてしまうのを修正するについて、動く部分を選択、ペイントのボーン選択、動いて欲しくない箇所のボーンを選択、ブラシ、ウエイトを下げる、修正箇所をドラックしても何も変化がない状況です。

対象となるオブジェクトやボーンを選択していないなどいくつか原因が考えられますが、文章だけでは状況がよくわからないので正確にお答えするのは難しいです。
操作画面や実際のデータなど添付いただけないでしょうか。
BBSでは難しい場合、弊社サポート宛にメールでデータをお送りください。

回答ありがとうございました。
おそらくですが、３つ目は他のボーンで制御し、そのボーンでは動かないようにしました。

しかし、企業化してからのサポート体制と、Metasequoiaに対する前向きな姿勢は、凄く感心するものがあります。
これからも頑張ってください。
返信ありがとうございました。