Metasequoiaに限らず、FBXの構造上必ずルートノードが必要なため、FBX出力時にはルートノードにオブジェクトをぶら下げる形で出力されます。

FBXの読み込み時には現在はルートノードも含めて読み込むようになっておりますが、もしこのルートノードを無視したとしたら、ルートノードに何か重要な属性が割り当てられていた場合にその情報が欠損してしまうことになってします。
実際に他社製のソフトで出力したFBXファイル内のルートノードに重要な属性を割り当てることがあるのかまではわかりませんが、もしあっても大丈夫なようにルートノードも含めて読み込んでいます。

他社製ソフト(本家Autodesk製品含めて）で読み込む場合でも、ルートノードを無視するもの、含めて読み込むもの両方が存在するようです。

ルートノードがいらないということでしたら、読み込み直後オブジェクトパネル内の削除ボタンを押し、子オブジェクトも削除するかどうかのメッセージで「いいえ」を選んでください。