Unity向けのデータ作成方法については以下の記事をご参照ください。
Humanoidテンプレートを使用すると、Unity上でMecanimのHumanoid用モーションデータをそのまま割り当てることができます。
http://blog.metaseq.net/2014/10/metasequoia-433-unity.html

度々すみません、
人型ではないもの等、モーションを自前で作成する必要がある場合などは、メタセコイア上ではできない、ということですか？

また、FBXを読み込んだ際のボーンの件は、如何でしょうか？

>モーションを自前で作成する必要がある場合などは、メタセコイア上ではできない、ということですか？

メタセコイアはモデリングソフトウェアです。モーションデータの作成には別のソフトを併用してご利用ください。

>また、FBXを読み込んだ際のボーンの件は、如何でしょうか？

こちらはどのように確認しているのでしょうか？
詳細がわからないと何とも言いようがありませんが、弊社では以下のサイト等を参考に、FBXのインポート後、Mecanim向けのRig設定をすることで、Humanoid用ボーン情報を正しく読み込めることを確認しています。
http://qiita.com/yando/items/601e6fd35002e77ae9c8

> 人型ではないもの等、

FBXを別のソフト（例えばMayaなど）で読み込みアニメーションを付けて再出力した場合に、HumanoidだけでなくGenericとしてもボーンが正しく動作すること確認済みです。
ただ、Genericでのボーン自体の表示方法は弊社では把握しておりません。Unityそのものの使い方については弊社ではサポートできかねますので、Unity開発元などへお問い合わせください。

>また、FBXを読み込んだ際のボーンの件は、如何でしょうか？
これは、メタセコでエクスポートしたFBXを再度メタセコでインポートした場合にボーンデータが読み込まれないということを仰ってるのではないでしょうか？

他の方からも要望が出ている、FBXに設定されてるボーン情報のインポートの対応のことかと思われます。

モーションは別のソフトで行うことにいたします。

>また、FBXを読み込んだ際のボーンの件は、如何でしょうか？
すみません、そうです、いったんFBXとして出力したものを、再度メタセコイアにインポートして修正を行う、市販のFBXデータをメタセコイアに持ち込んで編集を行う、ということをする場合に、
もともとFBXにあるはずのボーンの情報がメタセコイア上の「ボーン」として扱えず、再度FBXとしてエクスポートしても失われているようなのです。

>すみません、そうです、いったんFBXとして出力したものを、再度メタセコイアにインポートして修正を行う、市販のFBXデータをメタセコイアに持ち込んで編集を行う、ということをする場合に、
>もともとFBXにあるはずのボーンの情報がメタセコイア上の「ボーン」として扱えず、再度FBXとしてエクスポートしても失われているようなのです。

そうでしたか、はっきりと「何で」「どのように」を書いていないので、文脈からてっきりUnity上でのことかと。

各ファイルフォーマットにおける対応項目はヘルプに記載していますので、そちらをご確認ください。
ボーン情報の読み込みに対応しているのは現状ではmqo以外では唯一pmdのみとなっております。

なるほど、そうですか、わかりました。
お手数おかけいたしました。

メタセコは長年使っており、V４のボーン・ウエイト設定のインターフェースは以前のプラグインよりずっと快適で、今後も活用していきたいので、今後対応されることを望みます。

予告しておくと、FBXでのボーン情報読み込みは次のバージョン(4.5.6?)での対応に向けて鋭意開発中ですので、もう少しお待ちください。