Metasequoia 4ではベクターベースのGUIを実現するため、一般的なWindowsソフトとは若干異なる描画方法を行っています。
そのため、Windowsの標準動作を書き換えるような特殊なユーティリティソフトとは相性の問題が生じる可能性があり、このケースにおいては動作は保証いたしかねます。

当該のソフトだったか同種のソフトだったかは失念しましたが、アプリごとに設定を変えることができる場合はそれで回避できたと思います。