そのGIMPやPaint.netはOLEオートメーションなどアプリケーション間の連携技術に対応していないのではないでしょうか？

外部アプリケーションから画像ファイルが更新されると、メタセコイアのウィンドウがアクティブになった時点でマッピング画像がリロードされるようになっているので、通常はこれで問題ないのではないかと思います。