Ctrl+ドラッグでハンドルをあえて移動しない限り、選択箇所の中心がそのままハンドルの位置になるので、1も2もどちらも変わらないはずですが、こちらはハンドルの中心を移動したときの話ということでしょうか？

そうです。
とても長いオブジェクトを端点を中心に少しだけ回転させたい場合などです。
例）ランダムに建てた電柱の間に電線を張っていくような作業。
ハンドルを掴んで回すと微妙な調整が難しく（ハンドルを１回転すると実際のオブジェクトが1/10回転するような減速オプションでもあればいいのですが）、
数値入力で少しづつ動かす方法もありますが直感的では無く煩わしいですし。
仕様的に問題無さそうでしたら是非お願いします。

>ハンドルを掴んで回すと微妙な調整が難しく（ハンドルを１回転すると実際のオブジェクトが1/10回転するような減速オプションでもあればいいのですが）、

拡大・縮小や移動の場合もそうなのですが、やっぱり減速オプションは欲しいですね。MMDでボーンを動かすときにshiftキーを押しながら動かすと、マウスの移動量に対して実際の移動量が少なくなるアレです。
メタセコはCADじゃなくてデザインツールですので、微調整を指先のニュアンスで行える事はとても重要だと思います。
キーアサインの関係でMMDのように「shiftキーを押しながら・・・」というわけにはいかないとは思いますが、例えば各コマンドのダイアログに「微調整」ボタンみたいなのを付けていただくだけでもかなりイライラが解消されると思います。（特に拡大・縮小時）