下絵の位置合わせと拡大/縮小ができる機能が欲しいです。
現在の機能では、読み込んだ下絵の中心が各ビューの中心に位置するよ
うになっていますが、任意の点をビューの中心に設定する機能が欲しい
です。
コマンドで[下絵の中心を選ぶ]→マウスクリックで位置合わせができる
というのはいかがでしょうか。
拡大/縮小については、下絵上で2点をクリックして、その距離がメタセ
コイアのスケールでいくつになるかを設定できると使いやすいと思います。

あと、本要望とは無関係になりますが、5分なり10分なりに1回自動保存
する機能をぜひお願いします。
頻繁にクラッシュしたわけではないですが、安心感が高まります。

どうぞよろしくご検討ください。